bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C.

Aid文件：

ID001.1

ID032.1

ID090.10

Bfilt文件：

XX XX XXX ID001.1 XXX

999999999999999999999999999999999999999

XX XX XXX ID055.1 XXX

6666666666666666666666666666666666666

XX XX XXX ID032.1 XXX

333333333333333333333333333333333333333

要得到Cnew文件：

XX XX XXX ID001.1 XXX

999999999999999999999999999999999999999

XX XX XXX ID032.1 XXX

333333333333333333333333333333333333333

 

awk 'NR==FNR{a[FNR]=$0} NR>FNR{for(i in a)if($0~a[i]){print;getline;print}}' Aid Bfilt >Cnew

这个十分慢；用 extractfastabyid 处理。